Реджиналд Кеннет Дуайт родился в Пиннере, Англия, в семье командира эскадрильи ВВС Стэнли Дуайта и его жены Шейлы (в девичестве Харрис). Юный Дуайт был воспитан прежде всего матерью, а отца же видел нечасто. Стэнли и Шейла развелись в 1962 году, когда Дуайту было 15. Его мать вышла замуж за Фреда Фейрбразэра (Шейла Фэйрбразер) (Fred Farebrother), которого Элтон с любовью называл «Дерф». Дуайт начал играть на фортепиано, когда ему было четыре. Он был в состоянии сыграть любую мелодию. В одиннадцать лет он выиграл стипендию в Королевской Консерватории, где обучался затем на протяжении шести лет.
Не секрет, что Элтон Джон на протяжении многих лет не общается с матерью Шейлой. В новой колонке газеты The Times музыкант рассказал о еще одной семейной драме - певец признался, что его отец Стэнли Дуайт, бывший летчик-истребитель Второй мировой войны, никогда не посещал его концерты и выступления. Элтон думает, что причина такого поведения - в неприятии отцом его гомосексуальной ориентации.
Мой отец никогда не интересовался моим талантом, был отстранен от моих успехов, и я не понимал почему. Была ли это гомофобия? Был ли это страх? Это невероятная боль для меня, очень сильная потеря. Я думаю, так же это было и для моего отца. Вот что делает предубеждение с людьми, - пишет Элтон.
Музыкант, который начал играть на фортепиано в три года, а уже в 11 лет выиграл стипендию в Королевской консерватории, добавил, что Стэнли никогда не проявлял интереса к нему в детстве, не пытался помочь его карьере, хотя сам Дуайт-старший тоже любил музыку и играл на трубе.
Дело не в том, что он не любил детей или не умел с ними обращаться. Он оставил нас, развелся с мамой и создал другую семью. Он был превосходным отцом для тех детей. Так что дело не в самих детях, а во мне. 
Отметим, что отношения у Элтона не заладились и с его матерью. О причинах разлада, который длится на протяжении уже семи лет, рассказала сама Шейла изданию Daily Mail:
Все это случилось из-за сущей глупости. Как-то раз Элтон позвонил мне и приказал разорвать отношения с друзьями своего детства - Бобом Галлеем и Джоном Ридом, которые не поддержали его, когда он решил жениться на своем партнере Дэвиде Фернише, а услышав мой отказ, устроил скандал. Он так кричал, что я, разозлившись, бросила ему: "Ты печешься о своем чертовом возлюбленном больше, чем о родной матери!" Элтон, ударив телефонной трубкой об стол, ответил, что ненавидит меня. После этого он разорвал со мной все отношения - не звонит и не пишет.
На прошедший в марте юбилей, 90-летие, Шейла пригласила двойника Элтона Джона, так и не получив согласия от родного сына. Говорят, певец все же преподнес матери подарок - одну орхидею. Также, несмотря на ссору, Элтон продолжает оплачивать все ее счета и налоги.
